近日，来自比勒费尔德大学生物技术中心和伯特利福音医院的研究人员在他们的新研究中发现：如果新型冠状病毒基因组中存在因突变而缺失的基因片段，那么新型冠状病毒样本的自动基因分析将始终遗漏这些缺失的基因片段。研究小组通过他们的实验发现：在他们分析的新型冠状病毒样本中，大部分ORF8基因片段都缺失了。许多科学家认为，这个基因区域可以帮助延迟（减少）身体对入侵病原体的防御反应。如果这个基因区域消失了，病毒的致病性很可能会降低，最终的结果是病毒对人体造成的伤害和疾病不会那么严重。他们在《病毒》杂志上发表了一篇题为“SARS-CoV-2 ORF8中168个核苷酸缺失的多次发生，标准扩增子测序和变异调用管道未注意到”的文章中发表了这项研究结果：

比勒费尔德大学生物技术中心的遗传学家和首席研究员约恩·卡林诺夫斯基博士说：“在我们的生活中，当医院和学校对人进行新型冠状病毒的常规检测时，在确定人们是否被感染时，他们的主要目的是遏制新型冠状病毒的进一步感染，防止感染者传播；在实验室，当研究人员使用广泛使用的 PCR 方法对样本进行检测和分析时，我们的目的不仅是确定周围是否有感染者，我们这样做的另一个目的是：如果发现病例，我们必须分析调查该患者的感染途径，确定是由哪一种感染途径引起的。它是由突变病毒引起的。为此，只需确定具有个体中常见突变病毒典型特征的基因片段就足够了。目前，这种分析方法在整个欧洲进行的新型冠状病毒检测中普遍得到同样的结果：Delta突变病毒比其他新型冠状病毒突变病毒更具传染性！更有力！”

卡林诺夫斯基解释说：“如果你想看到识别出病毒变种，几个基因片段就够了；正是因为这个因素，实验室通常可以欣然接受他们无法识别其他基因片段的事实。 “基因组不能完全确定的一个原因是样本没有完全准备好；然而，除此之外，还有一种情况是分析软件经常无法最优识别单个核苷酸。这些核苷酸是基因构建的然后，软件将字母 N 而不是代表病毒基因组基因构建块的字母 A、T、G 和 C 写入基因序列中。

图为费尔德大学生物技术中心遗传学家 Biller 教授 Jörn Kalinowski，他的团队正在利用最新的纳米孔测序技术对可能最长的基因片段进行测序，并识别出新冠病毒突变体基因组中的缺失。

现有软件以误导方式记录缺失的基因片段

比勒费尔德大学的研究团队通过他们的研究发现：这种临时方法很容易造成影响深远的问题。该研究的合著者、比勒费尔德大学生物技术中心的生物信息学教授亚历山大·斯科巴博士说：“新型冠状病毒的基因突变会导致病毒发生变异。基因片段被删除。我们也注意到，即使整个基因片段根本不存在，常用的标准软件也会在基因序列中输入占位符，然后在基因序列中连续写上字母N。 ”

Jörn Kalinowski 说：“这是一个系统性错误，因为基因组中的这种缺失是我们未来了解冠状病毒的重要线索。当某个基因片段发生缺失时，受影响基因中存储的属性也会随之改变。”消失了。随着病毒的复制，这些特征将不再被传递。另外，导致病毒以更大的力量威胁人类的突变，在这个基因组的缺失中无法再发展。我认为这个缺失的基因片段可能是新冠病毒适应人类作为宿主的原因之一；这会使病毒更具传染性，但也降低了其风险。然后这种病毒将成为地方流行病。也就是说，它会定期出现在不同地区，就像其他众所周知的长寿冠状病毒一样，这些冠状病毒现在只给我们带来感冒，而这些感冒一般都是不会带来生命危险。 ”

了解病毒突变有助于重建感染链

研究人员在分析 EvKB 病毒样本时发现病毒基因缺失。在这家医院，医护人员和患者继续接受新型冠状病毒检测。 Kalinowski 的研究团队自 2020 年 4 月以来一直在分析医院的样本。在对这些科学家的分析中，他们从 COVID-19 检测呈阳性的患者的拭子中收集了含有病毒遗传物质的提取物。 EvKB 微生物学主任、该研究的合著者兼高级医师 Christiane Scherer 博士说：“对样本的详细分析使我们能够在发现病例时重建感染链。 “在2021年1月和2月第二波疫情高峰期，谢勒和她的团队发现了一批感染新冠的患者，他们立即通过广泛筛查和追踪控制了病毒的传播。这次的结果抑制方法是有效的，因为新型冠状病毒突变病毒B.1.1.294的传播途径已经被切断，这种突变病毒最终将无法在病房内进一步传播或传播给其他人。

比勒费尔德大学生物技术中心进行的这项分析和实验证明，他们对感染病房采取的隔离措施是成功的。 Jörn Kalinowski 报道：“我们之所以能够如此准确地表达这一点，一方面是因为我们发现了这种新型冠状病毒突变体的一个特别特殊的特征：在这种突变病毒的遗传密码中，有 168 个核苷酸缺失。 ORF8 基因区域中缺少基因构建块。这种遗传信息可能是病毒成功延迟受感染个体免疫反应的原因。

分析软件的新增功能

它与标准 PCR 方法有很大不同。科学家之所以能够检测出缺失的核苷酸，是因为他们还使用了一种纳米孔测序仪。与普通测序仪相比，这些特殊仪器可以测量更长的基因片段。研究人员还为基因分析软件增加了一项新功能，可以正确检测和标记基因序列中缺失的核苷酸。根据 Kalinowski 的说法，这是他们的研究团队确定 ORF8 基因区域是否缺失的唯一方法。

基督Iane Scherer 说：“这项分析不仅让我们能够确定我们医院的感染人群，而且确保病毒变异已经进入‘死胡同’。病毒被抑制后，不会再有人感染。”\ n

进化树图显示了所研究的病毒突变体的相关突变。

比勒费尔德大学生物技术中心的研究人员想知道那些缺失基因片段的突变病毒的起源。为此，他们从新型冠状病毒突变中央数据库中获取原始数据，并使用自己专门开发的软件进行评估。 Alexander Sczyrba 解释说：“使用这种方法，我们可以确定我们正在研究的新型冠状病毒变异病毒的其他祖先起源于哪里，以及在哪里可以找到类似的变异病毒。”科学家们使用了 SARS-CoV-2 树。该图说明了结果。例如，这表明突变病毒的前身先前在丹麦被发现。

比勒费尔德大学生物技术中心的研究人员也希望其他科学家能够准确识别出新冠病毒突变体中缺失的基因片段。为此，他们正在进一步开发分析软件，包括源代码，以便在相关平台上下载。

Jörn Kalinowski 说：“对我们来说，如果我们想弄清楚病毒中单个基因的功能以及它是如何进化的，重要的是寻找包含删除基因片段的进一步突变。但这需要访问所有原始基因全国范围内分析的冠状病毒样本数据。不幸的是，目前严格的数据保护规定阻止了这种情况。”