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奥密克戎也内卷,BA.2变体迅速取代BA.1变体,“隐形毒株”到底是什么

作者:上海盎真科技有限公司 浏览: 发表时间:2022-01-20 10:27:57

新型冠状病毒Omicron席卷全球,Delta正在迅速消退。

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不过,Omicron也开始内向了! Omicron 本身也从 BA.1 迅速转变为 BA.2。

BA.2 比 BA.1 有更多的突变,但 BA.2 将如何变化尚不清楚。

根据各国上传到GISAID平台的新冠病毒基因组数据,直到12月中旬,BA.2变种非常罕见,但此后数量迅速上升。在丹麦,从 12 月 30 日到 1 月 2 日,BA.2 变体在该国上传的 Covid-19 样本总数中从 14.1% 增加到 30%,而 BA.1 变体从 76.6% 下降到 65.1%。

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再看丹麦,日增2万多例,中间有两次快速下降,然后又回升。这是从 BA.1 到 BA.2 的转变点吗?

在印度,由于Omicron在印度出现较晚,BA.2的比例相对较高。从12月30日到1月5日,BA.2的比例从12.1%上升到46.38%,BA.1变种的比例从58%下降到37.68%。


此外,英国、菲律宾、加拿大、德国等全球数十个国家都发现了BA.2变种的存在。

据中国疾控中心广东省疾病预防控制中心研究人员1月3日发表的相关文章称,全球最早的BA.2变异样本于2021年11月27日发表,12月28日在南非发现12月28日,广东省疾病预防控制中心发现一例境外输入病例感染了BA.2变种。基因测序分析表明,该变体有67个核苷酸变异位点,在蛋白质水平上发现。有49个氨基酸突变位点和9个氨基酸缺失。 BA.1变体在蛋白质水平上大约有50个变体,略少于BA.2变体。

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Omikron,也称为 B.1.1.529,有 BA.1、BA.2、BA 三种变体.3,有共同的祖先。他们之间有什么区别?

簇 B.1.1.529,包括 BA.1 和 BA.2,共有 85 个突变,其中 40 个仅在刺突蛋白中。虽然已在 BA.1 的刺突蛋白中鉴定出 12 个突变,但 BA.2 亚系在刺突蛋白中具有 7 个独特的突变。 BA.1 和 BA.2 共有 21 个刺突蛋白突变。另外,BA.1和BA.3上的刺突蛋白(S蛋白)有一个69-70缺失突变,而BA.2没有这个突变。

是的,最近发现的新亚谱系无法通过 RT-PCR 测试中使用的引物识别。虽然 BA.1 亚谱系带有特征性 S 基因丢失突变,但 BA.2 没有。

目前用于 RT-PCR 测试的引物携带靶向三个基因的序列,其中一个是 S 基因。由于 BA.1 亚系携带 S 基因缺失突变,因此当 BA.1 样本进行 RT-PCR 检测时,引物中的三个靶标中只有两个会变为阳性。由于存在 S 基因缺失突变,引物中的 S 基因未检测出阳性。两个基因呈阳性但 S 基因不呈阳性的测试是了解测试样本是 Omicron 变体的亚系 BA.1 的便捷方法。因此,BA.2有时也被称为隐形毒株,即在进行一些核酸检测时,无法检测到病毒。

总之,S基因的缺失代表了BA.1亚谱系的鉴定。由于 BA.2 不携带 S 基因丢失突变,因此 RT-PCR 引物中的所有三个目标序列都将检测为阳性。因此,无法直接知道被测样本是否是 Omicron 变体的亚谱系。一个样本是否属于BA.2亚系只能通过基因组测序来确定。

BA.2 刺突蛋白中的其他七个突变是否代表毒性增加?才不是!仍然没有足够的证据表明免疫逃逸和传播能力增加。即使单独地,这七种突变都与显着的免疫逃逸或增强的传播无关。直到现在,这七种突变的综合影响也是未知的。

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