由澳大利亚悉尼大学癌症研究员詹妮弗·伯恩 (Jennifer Byrne) 领导的分析小组对 12,000 篇人类遗传学论文进行了计算机辅助分析,并在 700 多项研究中发现了其 DNA 或 RNA 序列中的错误。
研究人员怀疑这其中可能存在欺诈行为,并且会导致无法估量的严重后果,因为这表明某些人类基因研究是不可靠的。
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这些基因序列错误是如何被发现的?
自 2015 年以来,Byrne 一直致力于发现基因研究中的错误。当时有五篇文章(现有四篇已撤回)都报道了一个共同的实验:用一小段DNA灭活癌细胞中的基因。在这些研究实验中报告了错误的核苷酸序列。
Byrne 继续寻找有类似错误的论文。 2017 年,她与法国格勒诺布尔-阿尔卑斯大学的计算机科学家 Cyril Labbé 合作开发了一款名为 Seek & Blastn 的软件,可以标记潜在错误。具体来说,该软件从论文中提取短核苷酸序列,并与公共核苷酸数据库 Blastn 进行比较,以检查其是否与目标基因匹配。最后,研究人员证实了一些基因标记与目标基因不兼容。比赛。
为了评估问题的严重程度,该团队特意筛选了Gene(检查了2007-2018年发表的7400篇原创论文)和Oncology Reports(2014-2018年发表的3800篇开放获取论文)的论文。在此之前,这两个期刊都发表了有问题的文章。经过人工检查,大约12%的Oncology Reports论文有核苷酸序列错误,2%的Genes。
詹妮弗·伯恩
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Byrne 团队还选择了癌症遗传学的三个子领域(之前发现的问题):特定类型的 microRNA 对癌细胞的影响,在癌细胞或癌症患者中使用顺铂或吉西他滨,以及消除 17 个中的一个基因。确定其在癌细胞中的功能。在这些子领域中,超过 25%(约 600 篇论文)的论文核苷酸序列存在错误。
2021 年 7 月 31 日,研究人员将在 bioRxiv 预印本上发表他们的发现。结果显示,共有712篇论文,约占筛选总数的6%,其核苷酸序列有错误。这些研究已发表在78种期刊上,总引用次数超过17,000次(其中29项研究发表在Springer Nature出版的期刊上,该期刊表示将调查相关论文)。此外,该研究表明,712 项研究中只有 11 项被撤回,3 项表示担忧。
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Byrne 表示,她的团队已经给所有相关期刊或出版商的编辑发了电子邮件,一些回复将被调查。 Oncology Reports 的主编病毒学家 Demetrios 说,没有足够的时间来评估文章中指出的所有数据。 Gene 的主编和分子生物学家 Andre Van Wijnen 尚未做出回应。
为什么会出现错误?
研究人员指出,在已发现的人类基因功能论文中,核苷酸序列错误率高得惊人。此外,这些论文也使用了相似的语言和数字。这些问题论文的作者大多来自中国的医院。对此,伯恩怀疑这些论文可能与“文章工厂”——第三方论文写作公司有关。
巴西里约热内卢联邦大学的研究员 Olavo Amaral 一直致力于研究可重复性和科学实践。他说,由于 Byrne 团队选择了特定的论文子集,目前尚不清楚这些发现是否代表了整个遗传学文献,但它们警告我们需要注意并解决问题。 Amaral 说,“考虑到这样的错误可以被自动工具检测出来,我认为这说明定期同行评审是非常糟糕的,这些容易被发现的错误根本找不到,而这些错误可以通过更质量控制的系统形式。” .
论文中的基因序列错误对转化基因组学研究提出了重大挑战,不仅浪费了科学家的研究时间,而且由于这些论文可能是伪造的,也可能使其子领域根本不可靠。确保;确定对于高质量和可靠的基因功能研究,迫切需要制定实用的标准和指南。目前,一些期刊(包括Gene)已经推荐编辑使用Seek&Blastn来检查提交稿件中核苷酸序列的错误。